动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他，早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上，他被奇怪的生物咬了一口，坠入了一个和平常不同的梦。
明治の御代、西洋化の波が日本を飲み込み、侍は消え果てた……。 時代の潮流に取り残された者たちの新たな戦いが今始まる。 1874年。車夫の元会津藩士・折笠静馬は、行方不明の許嫁・鹿又澄江を捜していた。だがある事件を切っ掛けに新設されたポリス（警察）の一員となり、政府転覆の陰謀を追うことに。 同じ頃、ヤクザの守屋組に凄腕の剣士・修羅神狂四郎が客人となった。政府転覆の黒幕と繋がる守屋組で、彼は己の目的のため地位を固めていく。 かくて静馬と狂四郎との運命のドラマが動き始める。その中で静馬には、皮肉な出会いと別れが待っていた。
奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。 某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的出现意味着，有一场阴谋正在秘密展开。
第一季再编集版。
海凪日和（久住琳 配音）的父亲永远的离开了她，而父亲传授下来的飞钓法却被日和牢牢的记在了心里，每当想念父亲时，日和都会独自来到海边，享受一个人的钓鱼时光。某日，日和在钓鱼的时候意外邂逅了天真烂漫的少女小春（日冈夏美 配音），两个女孩很快就熟络了起来，彼此成为了朋友。 让日和没有想到的是，小春的真实身份，竟然是母亲再婚对象的女儿，这也就意味着，她们两人，是即将居住在同一屋檐下的义姐妹。除了小春外，钓鱼这项运动还让日和结识了很多朋友们——卖飞钓用具的店员姐姐吉永恋（岭内知美 配音）、同样喜欢钓鱼的小学生福元二叶（村上奈津实 配音），以及非常害怕虫子，但又想要和二叶成为好朋友的二宫蓝子（井上穗乃花 配音）。
10年的时间可以让少年变成青年，可以让性格温顺的乖学生变成脾气暴躁性格别扭的上班族，让很多事情被忘记，但有些事情却永远无法被洗刷掉。10年前的小野寺律（近藤隆 配音）暗恋着学长嵯峨前辈（小西克幸 配音）。得到前辈回应的律本以为就此可以幸福下去了，哪知因为误会让二人分离，一别10年。律被调到了出版公司的漫画部门，而他的上司居然就是当年的初恋对象，虽然姓氏变了，但分明就是当初那人。嘴上说着麻烦死了讨厌死了的律，心里却依然会因为前辈的一点点温柔而心动，难道他阔别10年爱上的人依然还是初恋对象么？一出出有趣又温柔的故事在漫画编辑部展开。 除了律的场合，还有编辑部其他成员的故事，同样精彩。
家住千叶县的17岁普通高中生高坂京介（中村悠一 配音）有一个14岁的妹妹高坂桐乃（竹达彩奈 配音），可是，很长一段时间以来，这个外表可爱的妹妹和自己的关系并不密切，有时甚至可以用冷淡来形容。妹妹的身上究竟发生了怎样的事情呢？终于有一天，一个关于桐乃的秘密被京介发现了。 可爱 的妹妹居然是宅系的兄控？！虽然桐乃百般否认，但事实不容狡辩。随后，原本只在妹妹身边出没的千金大小姐槙岛沙织（生天目仁美 配音）和毒舌少女五更琉璃（花泽香菜 配音）也渐渐的围绕到了京介的身边来，她们都和妹妹一样，是秋叶原系的御宅族。因为是兄控而觉得分外苦闷的桐乃，究竟会和妹控的哥哥京介发展出一段怎样妙趣横生的关系呢？
小四格
新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。 在相互坦白了暗恋对象后，龙儿和大河决定结成统一的恋爱战线，利用相互的帮助来完成各自的恋爱蓝图。但现实并没有想象的那么简单，在重重的误会和波折之中，两人似乎对对方都产生了超越友谊的情感。
“找到了，使我内心充满炽热之物（魔法少女）——” 前往祖父家中的地图子，与守护街区的魔法少女莓花相遇，瞬间着迷。 但是，敌对邪恶组织"深渊(地堑)"的统帅库洛玛的攻击太不起眼，两人的战斗不值得一看。 地图子的内心愈发渴求着欣赏莓的活跃…… “我想让魔法少女更加光芒四射……给我陷入苦战啊！” 这份欲望（？），引导内向的少女走上恶的道路。
椎名亚树（喜多村英梨 配音）因为外表的缘故，常常被人误认为是女孩子，这让他非常的苦恼，十分希望增加一些男子气概。为了培养自己独立生活的能力，升入初中后亚树独自前往东京，住进了春原庄，开始了一个人的生活。 成熟稳重温柔贤惠的春原庄主人春原彩花（佐藤利奈 配音）、活泼开朗有时有些活泼过头的春原菜菜（佐仓绫音 配音）、拥有超高人气的学生会会长雪本柚子（高森奈津美 配音）、虽然看上去十分冷漠但实际上对可爱的东西完全没辙的月见里堇（濑户麻沙美 配音）、整天笑嘻嘻但内心里的想法无人知晓的风见百合（宫本侑芽 配音），在这些姐姐们的陪伴下，亚树真的能够成长吗？
在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。 凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。
这个洋馆里有一个秘密——伫立在悬崖边上的巨大洋馆「影宅」中模仿着贵族们生活着的，没有脸的一族人「影子」。以及作为影子的“脸”而存在并侍奉他们的「活人偶」。某一日，“影子”的少女凯特的住处，有一位“活人偶”来访。“影子”与“人偶”的不可思议的日常生活就此开始。
