Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
故事发生在私立汐美学园之中，这里汇聚着在各种方面有着杰出表现的孩子们，他们的身上，承载着整个城市的荣耀和希望。学园之中有着“睿智之城”美名的图书馆格外醒目，然而，在图书馆最深处的阅览室中，大幕正在徐徐的拉开。 有着旺盛求知欲的笕京太郎（间岛淳司 配音）、乐观开朗积极努力的白崎绪美（米泽圆 配音）、稳重认真深受信赖的樱庭玉藻（齐藤佑圭 配音）、外冷内热的御园千莉（山本希望 配音）、温柔善良的铃木佳奈（仙台绘里 配音）和大大咧咧的小太刀凪（种崎敦美 配音），六名互不相识的少年少女在冥冥之中汇聚在此处，即将展开他们波澜壮阔的冒险。
明治の御代、西洋化の波が日本を飲み込み、侍は消え果てた……。 時代の潮流に取り残された者たちの新たな戦いが今始まる。 1874年。車夫の元会津藩士・折笠静馬は、行方不明の許嫁・鹿又澄江を捜していた。だがある事件を切っ掛けに新設されたポリス（警察）の一員となり、政府転覆の陰謀を追うことに。 同じ頃、ヤクザの守屋組に凄腕の剣士・修羅神狂四郎が客人となった。政府転覆の黒幕と繋がる守屋組で、彼は己の目的のため地位を固めていく。 かくて静馬と狂四郎との運命のドラマが動き始める。その中で静馬には、皮肉な出会いと別れが待っていた。
吉川春生（市来光弘 配音）是一名平凡的男子中学生，和自己的三个妹妹过着相依为命的生活。吉川舞夏（中原麻衣 配音）十分贤惠，擅长料理家中上下的各种事务，对春生有着强烈的占有欲。吉川千秋（酒井香奈子 配音）的运动神经异常发达，是一个活泼开朗的女孩。吉川冬乃（金田朋子 配音）视金钱如命，将家族的利益摆在第一位。兄妹四人虽然平日里吵吵闹闹的，但彼此之间的羁绊十分深厚。 某日，春生的学校里来了一位名叫魔宫步（野川樱 配音）的转校生，在误打误撞之中，步竟然住进了春生家，成为了家中的女仆担当。实际上，步是一名魔女，她接近春生有着她自己的算盘。
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。 由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。 只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——
妖怪界の刑事・ドロは妖怪総理大臣を決めるという格闘技大会への出場を、ゲーム一作目の主人公でもあった妖怪退治人・剣野舞に依頼する。だが、自分に降りかかった火の粉でもない事件なので、まったく興味を示さない舞。そんな様子を見ていた舞の妹、光が口を挟んできた。そこでドロは光をおだて、魔剣道2号として大会へ出場させようとする。一方、とある一角では妖怪がひとりの少年を改造し、人間界を支配せんと企んでいた……。
家住千叶县的17岁普通高中生高坂京介（中村悠一 配音）有一个14岁的妹妹高坂桐乃（竹达彩奈 配音），可是，很长一段时间以来，这个外表可爱的妹妹和自己的关系并不密切，有时甚至可以用冷淡来形容。妹妹的身上究竟发生了怎样的事情呢？终于有一天，一个关于桐乃的秘密被京介发现了。 可爱 的妹妹居然是宅系的兄控？！虽然桐乃百般否认，但事实不容狡辩。随后，原本只在妹妹身边出没的千金大小姐槙岛沙织（生天目仁美 配音）和毒舌少女五更琉璃（花泽香菜 配音）也渐渐的围绕到了京介的身边来，她们都和妹妹一样，是秋叶原系的御宅族。因为是兄控而觉得分外苦闷的桐乃，究竟会和妹控的哥哥京介发展出一段怎样妙趣横生的关系呢？
新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。 在相互坦白了暗恋对象后，龙儿和大河决定结成统一的恋爱战线，利用相互的帮助来完成各自的恋爱蓝图。但现实并没有想象的那么简单，在重重的误会和波折之中，两人似乎对对方都产生了超越友谊的情感。
在遥远的神话时代，人类私欲膨胀，相互残杀，人世间血雨腥风，哀鸿遍野。人类仇恨的力量创造了妖邪界及其魔王霸主阿罗醐，阿罗醐的出现是人类的命运更加黯淡无光。这时，身穿金色铠甲的勇士迦雄须出现，打败了阿罗醐，还世界以光明。然阿罗醐虽死，其聚集了邪念铠甲却还留存世间。为了抑制住邪恶的力量，迦雄须用“仁、义、礼、智、信、忠、孝、悌、忍”九种人类精神将其封印。 一千年倏忽而去，公元1988年，妖邪帝王之城阿罗醐城出现东京上空，黑暗再次降临。就在人类世界危在旦夕之时，五位身穿铠甲救世主挺身而出……
自从美少女付丧神桐叶出现在平凡的少年加贺见一也面前后，生活就完全变调了，有着吸引怪异体质的「忌讳之子」一也，在受到土地神菊理任命为「降灵大将」后，和桐叶一同奋斗着，一也等人在学校活动，成立了收集怪异情报的「烦恼咨询室」，但在不断有人来咨询平稳烦恼的背后，菊理所盘算的某个计划开始蠢蠢欲动…除了超S美少女付丧神桐叶，对一也抱持好感的少女们，也在被卷入各种意想不到骚动的同时参战了，满是美少女的传奇学园喜剧，现正揭开第二幕！
平凡的女高中生神无希（Lynn 配音）出生在贫困的家庭之中，为了能够赚钱补贴家用，身为体操运动员的她决定参加一项名为“竞女”的比赛，女孩子们身着泳装，搭载着漂浮在水面上的泡沫板，以自己的身体为武器，依靠撞击或推搡来使对手跌落水中，获胜的选手将获得巨额奖金。 竞女的世界里充满了激烈的竞争。冷静成熟的宫田纱耶香（市道真央 配音）、内向腼腆的青叶风音（本渡枫 配音）、活泼开朗的丰口乃音（大西沙织 配音），神无希和这些个性迥异但善良可爱的女孩子们在一起生活学习，彼此之间即为同伴亦是对手。在清澈的水面之上，充满了热血和激情的青春之曲正在奏响。
步入老年的不起眼上班族·犬屋敷壹郎，过着被公司和家庭疏远的每一天， 但在某天，医生突然宣告他患了晚期癌症，时日无多，他从此开始自暴自弃。 当晚，被突然飞来的UFO的坠落所卷入，转变成机械身体的他，获得了远超人类的力量。 另一方面，同样遭遇事故的高中生·狮子神皓，开始随心所欲地使用他所获得的力量。 不断伤害不合己意之人的狮子神，与不断拯救被狮子神所伤害之人的犬屋敷。人类的本质究竟是善还是恶？ 获得强大力量的2人，现在开始驱动各自的想法——。
