Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
该剧由漫画鬼才石黑正数亲自打造，贵留子与小丸踏上寻找“天国”的旅程，极力避开专门猎杀人类的怪物。时男舍弃井井有条的生活，勇闯外面的世界。
明治の御代、西洋化の波が日本を飲み込み、侍は消え果てた……。 時代の潮流に取り残された者たちの新たな戦いが今始まる。 1874年。車夫の元会津藩士・折笠静馬は、行方不明の許嫁・鹿又澄江を捜していた。だがある事件を切っ掛けに新設されたポリス（警察）の一員となり、政府転覆の陰謀を追うことに。 同じ頃、ヤクザの守屋組に凄腕の剣士・修羅神狂四郎が客人となった。政府転覆の黒幕と繋がる守屋組で、彼は己の目的のため地位を固めていく。 かくて静馬と狂四郎との運命のドラマが動き始める。その中で静馬には、皮肉な出会いと別れが待っていた。
奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。 某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的出现意味着，有一场阴谋正在秘密展开。
第一季再编集版。
大学的新学期伊始。 心无杂念头脑里只想着如何改良自己做的无人机，KAKA的单单在热闹非凡的各大社团招新人海中略显得有些格格不入。 在单单从校舍后方的广场向延绵海岸扔出飞碟进行无人机KAKA的捕捉测试时因为海风的影响飞碟不小心飞到了一名女生的身上。 这突如其来的事故，却变为了使原本有些自闭的单单逐渐成长的契机。
10年的时间可以让少年变成青年，可以让性格温顺的乖学生变成脾气暴躁性格别扭的上班族，让很多事情被忘记，但有些事情却永远无法被洗刷掉。10年前的小野寺律（近藤隆 配音）暗恋着学长嵯峨前辈（小西克幸 配音）。得到前辈回应的律本以为就此可以幸福下去了，哪知因为误会让二人分离，一别10年。律被调到了出版公司的漫画部门，而他的上司居然就是当年的初恋对象，虽然姓氏变了，但分明就是当初那人。嘴上说着麻烦死了讨厌死了的律，心里却依然会因为前辈的一点点温柔而心动，难道他阔别10年爱上的人依然还是初恋对象么？一出出有趣又温柔的故事在漫画编辑部展开。 除了律的场合，还有编辑部其他成员的故事，同样精彩。
曾经从东京来到广岛念高中而寄宿在桐岛青大（细谷佳正 配音）家的枝叶柚希（中岛爱 配音），在留下一封信后，突然消失。她是不再喜欢青大，还是另有隐情？为了寻找答案，了解柚希的真实想法，青大离开了老家广岛，转学到东京，前往柚希所在的小镇。来到大城市东京后，青大暂住在姐姐的公寓里，在这里他认识了隔壁的御岛明日香（佐仓绫音 配音）和风间恭辅（小野大辅 配音），而他们二人正巧是自己的新同班同学。青大鼓起勇气去找柚希，结果遇到了柚希的妹妹懔，而柚希似乎不愿意露面与他相见。 曾经点点滴滴的回忆，如今形同陌路的两人。从东京到广岛，从广岛到东京，相遇，恋爱，分离，重逢，这是青大与柚希的甜蜜又苦涩的爱情故事。
在东京巨蛋地下6层的秘密地下斗技场，聚集了来自世界各地的最强战士。普通的高中生，17岁的范马刃牙，在夜晚是君临此地的无败王者。描写的战斗包括刃牙VS烈海王，涉川刚气VS范马杰克，刃牙VS范马杰克等。
猫だけで営むお店『ラーメン赤猫』、そこにバイトの面接で訪れた人間の珠子。 正直に犬派と答えた彼女はあっさりと採用が決まり、任されたお仕事は猫たちのお世話係。 ブラッシングを通じて垣間見える猫模様に、様々なお客様が織りなす人間模様。 身体も心も温まる『ラーメン赤猫』、 愛しさ大盛り、召し上がれ。
新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。 在相互坦白了暗恋对象后，龙儿和大河决定结成统一的恋爱战线，利用相互的帮助来完成各自的恋爱蓝图。但现实并没有想象的那么简单，在重重的误会和波折之中，两人似乎对对方都产生了超越友谊的情感。
