Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
某天，阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时，却得知阿笠博士被人绑架。原来，这只是博士跟大家做的小游戏，在第一关里，他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题，但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示，三人成功找到问题的关键，顺利抵达目的地，等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面，阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸，结果发现司机竟是绑匪，他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真，少年侦探团最终能否成功救出博士呢？
人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的吉翁军名将们年轻时的勇姿，改变战况的人型机动兵器「机动战士」的开发秘闻，与地球联邦军之间的摩擦以及开战经过……等等这些「一年战争」以前的故事，初次以影像形式展现出来。
世界的中心，盖特皮亚，过去是无边无际的荒芜不断的魔境。 女神从天而降，天空中出现了巨大的“门”。人们在“门”里发现了维持着世界的奇迹源"kirakuri"存在。 随着岁月的流逝，盖特比亚作为城市发展起来。 在"门”迷宫中专内采集"kirakuri"的宝物猎人出现。维持世界奇迹般的能量，委托给了"kirakuri"猎人的手。 主人公凑有一天突然被青梅竹马的优托莉亚叫了出来。 在抱着淡淡的期待去了那个地方，凑被优托莉亚告知了“我...我觉得你很适合当社长!”就这样继承了上一代的遗迹，凑的社长冒险生活开始了。
自从美少女付丧神桐叶出现在平凡的少年加贺见一也面前后，生活就完全变调了，有着吸引怪异体质的「忌讳之子」一也，在受到土地神菊理任命为「降灵大将」后，和桐叶一同奋斗着，一也等人在学校活动，成立了收集怪异情报的「烦恼咨询室」，但在不断有人来咨询平稳烦恼的背后，菊理所盘算的某个计划开始蠢蠢欲动…除了超S美少女付丧神桐叶，对一也抱持好感的少女们，也在被卷入各种意想不到骚动的同时参战了，满是美少女的传奇学园喜剧，现正揭开第二幕！
“找到了，使我内心充满炽热之物（魔法少女）——” 前往祖父家中的地图子，与守护街区的魔法少女莓花相遇，瞬间着迷。 但是，敌对邪恶组织"深渊(地堑)"的统帅库洛玛的攻击太不起眼，两人的战斗不值得一看。 地图子的内心愈发渴求着欣赏莓的活跃…… “我想让魔法少女更加光芒四射……给我陷入苦战啊！” 这份欲望（？），引导内向的少女走上恶的道路。
16岁的少年三栗智和在某个夜晚做了个奇怪的梦。在这个未曾见过的梦世界里，看到一个少女在和敌人战斗。在那个梦世界智和有着不可思议的力量，并给予少女那个力量来击退敌人。智和就在这种迷惑下醒来，并且感到吃惊的是，醒来后发现梦中出现的少女就出现在自己旁边。除了神秘的美少女“莫奈”以及生活在一起的堂姐妹千条七濑与千条九叶，还有就是从小青梅竹马的水月，现实在梦世界的战斗现在从这里开始！
在人类世界里暗中行动的智慧生物——砂糖人。 他们为了获取“黑暗零食”持续掳掠人类。 接连不断有人类遭到砂糖人袭击，从异世界而来的青年生真，为了拯救人类挺身而出。 饱藏，是生真吃下零食后产出的小巧怪物。生真与它们一起，用形似嘴巴的腰带变身为假面骑士加布……！ 软糖、薯片、棉花糖、巧克力、糖果…… 用零食之力实现强化，保护人类不受怪物砂糖人侵害！ “零食”英雄——假面骑士加布的战斗即将拉开序幕！
小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
绫月芽衣（诸星堇 配音）是一名普通的女子高中生，一次偶然中，她邂逅了自称为魔术师的神秘男子，在该男子的一顿操作之下，绫月芽衣竟然穿越回了明治时代，并且在误打误撞之中来到了鹿鸣馆。 在这里，绫月芽衣遇到了曾经只在书中见过他们名字的大文豪们——性格敏感古怪，对兔子有着异样狂热的泉镜花（冈本信彦 配音）、拥有超高智商，行为举止异于常人的森鸥外（浪川大辅 配音）、性格内向沉默寡言的菱田春草（KENN 配音）、温柔体贴文质彬彬的川上音二郎（鸟海浩辅 配音），绫月芽衣的命运会和他们产生怎样的碰撞呢？
『魔王軍最強の魔術師』と呼ばれ、単身で砦をも攻略する魔族、その名はアイク。絶大な魔術で敵をなぎ払う様は、まさしく『化け物』そのもので、敵味方から畏怖される存在だった。しかし、そんな彼には、他の魔族にはいえない秘密があった。「――俺、実は人間なんだよね」人間であることを隠しながら魔族と人間の共生を目指す、成り上がりダークファンタジー！
平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。 魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。
日光市有一支叫作“梦猴”的冰球队，梦猴为了吸引当地的年轻人参与运动，面向年轻人办了体验班。中学女生爱佳拉上妹妹彩佳，还有朋友薰子和真美去参加了体验班。同时参加的还有另外两位女孩梨子和尚实。练习结束后，六个女孩都被冰球的魅力迷住，开始了冰球之旅。在那之后一位原本打算放弃冰球的有名选手，另一位女孩优，也来到了日光。几个女孩一起练习，合宿，经过了一番努力，每个人都逐渐成长。这是可爱少女们披上橘色战袍，驰骋在冰球战场上的故事，也是个讲述少女们汗水与泪水的成长故事。
