“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。
　　故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相……

　　在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系日益紧张，两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将选定监护人，一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为威胁，从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中，利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连发生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟，展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘而不断变化的群体性威胁。这个物怪的真实身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他们不仅攻击人类，还似乎在寻找自己的母亲，然而，这位“母亲”始终不肯现身。火鼠为何专门针对那些伤害新生儿之人？又是什么样的悲剧，让她悲痛至极、自焚不止？卖药郎深入大奥之中，揭开层层黑暗，追寻斩除物怪所需的三大要素：“形”、“真”与“理”，誓要揭示真相，平息灾祸。

　　昭和31年（1956年），静冈县印刷商望月次郎受临退休刑警田岛委托，印刷一份“刑事搜查资料”。资料中记载了一桩已过追诉时效的土木工人被杀案，案件牵涉“修善寺妓女”大塚花与天城隧道附近被目击的14岁少年。
　　翻阅资料时，望月被封印的记忆逐渐复苏——那个“少年”正是31年前的自己，而大塚花则是他的初恋。当年，二人曾赤脚携手翻越天城山，共度数小时如梦似幻的恋情。花的笑靥、清丽歌声与掌心余温犹在，然而分别后花却因杀害工人被捕。警方审讯中，花在田岛刑警的逼供下认罪，但其供词充满矛盾，仿佛刻意包庇某人。
　　31年后的今日，田岛刑警为何突然造访望月？又为何偏执地逼迫他直面往事？
　　当事件“真相”最终揭晓，望月与花跨越半生宿命重逢。